Dalam bulan Agustus 1945, tiga hari sebelum diproklamirkannya kemerdekaan Republik Indonesia oleh Bung Karno dan Bung Hatta, Amerika menjatuhkan bom atomnya di kota Hiroshima dan Nagasaki yang selanjutnya memaksa Kaisar Hirohito menyerah dan bertekuk lutut kepada Sekutu, dan melepaskan cengkeramannya di negeri-negeri Asia Tenggara, termasuk Indonesia yang telah dikuasainya selama tiga setengah tahun.
Pada pagi hari tanggal 17 Agustus 1945, Bung Karno dan Bung Hatta atas nama bangsa Indonesia memproklamirkan kemerdekaan bangsa Indonesia dan serentak menyusun pemerintah Republik Indonesia. Dalam pada itu Tentara Sekutu yang diwakili oleh Balatentara Inggris mendarat di kota Surabaya dengan tugas melucuti senjata balatentara Jepang. Belanda yang merasa masih berkuasa di Indonesia mempergunakan kesempatan itu dengan membonceng Tentara Sekutu masuk ke Indonesia dengan nama NICA.
Para anggota Jemaat Ahmadiyah, baik anggota biasa maupun pemimpin-pemimpinnya senantiasa ikut aktif bersama-sama rekan sebangsanya memasukkan diri dalam kancah perjuangan baik secara langsung mengangkat senjata sebagai anggota BKR-TKR ataupun sebagai lasykar-lasykar rakyat seperti TRIP dan dalam badan-badan perjuangan lainnya seperti Kowani, KNI, dan sebagainya. Ketika itu Pemerintah Republik Indonesia merasa sukar untuk melanjutkan perjuangan di ibukota Jakarta, dan oleh Presiden Sukarno ibukota Republik Indonesia dipindahkan ke Jogyakarta.
Ketua Hoofdbestuur Jemaat Ahmadiyah Indonesia pada waktu itu adalah R. Mohammad Muhyiddin pegawai tinggi Kementerian Dalam Negeri, aktif dalam mempertahankan kedaulatan RI di Jakarta, pada tahun 1946 telah diangkat sebagai Sekretaris Panitia Perayaan Kemerdekaan RI yang pertama, yang sedianya juga akan memegang bendera Sang Merah Putih di muka barisan. Akan tetapi delapan hari sebelum sebelum peringatan proklamasi yang pertama itu beliau telah diculik oleh Belanda dan hingga kini hilang tak tentu rimbanya.
Sebelum Balatentara NICA memasuki dan merebut kota Bandung dua orang Muballigh Ahmadiyah almarhum Abdul Wahid HA dan almarhum Malik Aziz Ahmad Khan yang pada akhir tahun 1945 bertugas di Yogyakarta telah aktif sebagai penyiar RRI untuk siaran Bahasa Urdu untuk memperkenalkan perjuangan bangsa Indonesia ke benua alit India. Juga beberapa orang Ahmadi di Padang dan Medan tidak ketinggalan mengambil bagian dalam perjuangan fisik melawan Belanda. Perlu kiranya menjadi catatan, ketika pemerintah RI memerlukan pinjaman uang dari rakyat maka anggota Jemaat Ahmadiyah telah memberikan segenap kemampuan yang ada pada mereka. Sebagai contoh Jemaat Ahmadiyah Garut telah menyumbangkan sejumlah uang kepada pemerintah ketika itu.
